Chùa Phụng Sơn là một trong những ngôi chùa cổ, còn in đậm nét sự có mặt của tín ngưỡng dân gian, Như bên hành lang chánh điện thờ Linh Sơn Thánh Mẫu, một trong những vị nữ thần được tôn kính và thờ tự phổ biến ở miền Nam. Dấu vết của quá trình sinh sống và cộng cư của nhiều dân tộc tại vùng đất này còn được thể hiện qua hình ảnh ngôi miếu nhỏ thờ Ông Tà (Neak Tà) trong khuôn viên chùa, bên những ngôi tháp Tổ. Đó là dạng tín ngưỡng, là một nét văn hóa phổ biến của cư dân Khmer.Là một trong những ngôi chùa cổ còn lưu lại đậm nét về địa thế, kiến trúc, nghệ thuật tạc tượng, cách bày trí và thờ cúng...chùa Phụng Sơn đã góp phần mang lại một giá trị văn hóa - nghệ thuật phong phú, đa dạng trong dòng phát triển của văn hóa Phật giáo tại Nam Bộ.